迷失岛2二周目共有3个隐藏成就，分别是南瓜先生大冒险、小三角大英雄、宇宙的尘埃，前两个通过刷新轮船二层小女孩玩偶触发，最后一个在通关后等待火箭降落解锁。
南瓜先生大冒险成就的触发核心是反复刷新轮船二层场景。需先推进二周目至可自由进出轮船的阶段，进入轮船二层找到手持玩偶的小女孩，此时玩偶默认是普通造型。接着反复进出该场景，每次重新进入都有概率让小女孩手中玩偶刷新为南瓜先生造型，形态出现后直接点击玩偶就能解锁成就，过程可能需要多次尝试才能成功。
小三角大英雄成就的触发逻辑和南瓜先生大冒险完全一致。同样在轮船二层场景，通过反复进出刷新小女孩的玩偶形态，直到玩偶变为小三角造型，点击玩偶即可解锁。两个成就共享场景刷新机制，可在同一次探索中轮流刷新，高效完成解锁。
宇宙的尘埃是二周目最隐蔽的隐藏成就，触发条件是通关后不退出游戏。完成二周目所有解谜流程，观看火箭升空动画、致玩家的信及制作人员名单后，保持游戏运行不返回主菜单。等待背景音乐循环至第三遍时，火箭会降落到神秘特殊场景，成就自动解锁，解锁后才会在成就列表中显示。
二周目隐藏成就解锁需注意细节，前两个成就仅在二周目轮船二层可触发，一周目无此彩蛋；第三个成就必须完成二周目真结局，火箭冲破玻璃罩升空后才会触发等待剧情。完成三个隐藏成就后，可解锁二周目全成就收藏，达成游戏完美探索目标。
