少年三国志玄阵分为水镜玄阵与战宠玄阵两类，水镜玄阵在战区/神州的组队界面，战宠玄阵则在战宠系统的养成模块内。
水镜玄阵是组队闯关玩法，入口在游戏主界面组队区域，需主角等级达到85级才能解锁。进入后先组建或加入队伍，组队期可邀请战区或神州玩家，同军团成员组队有额外代币加成。队伍准备完毕后锁定，挑战期开启探索，玩家要解锁迷雾、探索区域、开宝箱、打怪和触发事件，击败BOSS解锁新区域。探索时提升探索等级可加统御值，全员等级达标激活共鸣加成，每层100%进度后解锁下一层，共10层，2、4、6、8、10层有幸运转盘可拿奖励。
水镜玄阵探索要合理用行动力，每日领水镜令的450点行动力，优先清迷雾开视野，再打怪物拿资源装备。秘境分两类，奇数层需开门密码，偶数层要达标属性，8层后打怪概率掉魂金装备。队伍共享视野和奖励，三人活跃玩家统一节奏，不浪费行动力，轻松通关10层。复活靠扶起功能，回血用每层唯一的华佗，或元宝购买，合理分配能降低损耗。
战宠玄阵是暗金战宠的养成模块，入口在主界面战宠系统，进入后找到玄阵养成页。该玩法消耗金色宠物碎片升级玄阵，提升全阵容属性，和吞噬玩法类似，主打回收金宠碎片转化为战力。升级需大量金宠碎片，可通过活动或八卦转盘获取，玄阵等级越高，全属性加成越多，是后期提升整体战力的关键途径。
两类玄阵玩法侧重不同，水镜玄阵重组队协作与探索，奖励含装备、道具和代币；战宠玄阵重养成积累，用闲置金宠碎片提永久属性。玩家可按自身需求参与，日常清完水镜玄阵行动力，长期积累战宠玄阵碎片，兼顾短期奖励与长期战力，快速吃透玄阵玩法，提升综合实力。
