秘境是专门用来挑战的特殊模式，在这些模式中玩家能够体验超多精彩的关卡，特殊的环境战斗起来也是相当不错的，强劲的玩家都将汇聚在这里，刺激的挑战一触即发，这些挑战经验对玩家来说也是非常不错的，能够快速自身的战斗力。挑战过程中玩家一定需要注意忍者的分配，不同的秘境对忍者的要求也是不一样的，大部分的关卡会有克制作用，如果选择了不合适的角色是会失败的，超详细的秘境忍者介绍就在文章下方！
首先最常体验的秘境是烈火，这里的周围都将是火焰，在持续燃烧的火焰中进行战斗其实是非常刺激的，这个模式相对于其它来说是最不受限制的，任意的忍者都可以在这里成功挑战，基本上没有过大的忍者限制，其次就是毒风，这个秘境中会产生产生很强劲的毒气旋风，如果被风击中就会丧失战斗能力，所以这个时候灵活性就显得格外重要了。鹿丸从整体上看是非常适合毒风的，他能够以自己最快的速度躲避旋风，还可以召唤出自身的影子对怪物进行作战，这种影子类的输出在关键时刻是非常有效果的，不仅能够抵挡大量的伤害，防止队友受到过多的伤害之外，还可以帮助角色进行挑战，普通攻击与一般的技能都可以非常不错地连接在一起，毒风秘境中的鹿丸也可以说得上是游刃有余。雷霆也是很多玩家都会选择的秘境，在这里大部分的玩家会选择志乃，他的被动能够让他在受伤的时候将自身承受的伤害转化为输出，同时他非常擅长使用近身攻击，这类忍者会拥有很强的灵活性，在雷电劈下的时候利用自己的灵巧躲避伤害。
除此之外还有阴阳，这个环境中玩家的整个作战方法都要进行调整，最适合的角色其实是鼬，他的输出非常高强度，能够在短时间内产生无限的伤害，在抓捕小怪的时候也能够依据自身的输出快速抓取野怪，整个作战过程都是非常简单轻便的。阴阳这个模式最好是两者搭配一起挑战，一般情况下这样也会更稳妥。最后一种秘境是水牢，封闭状态下的环境对角色来说都是考验。其实如果想要闯关成功只需要准备好鼬就可以了，在所有的秘境中他都可以很好地应对。
