失落方舟位于墓土地图深处，玩家常提及的方舟地下区域可能指代通过特殊技巧进入的地形内部空间。其核心区域为地表可见的废弃船只及周边沙地。若需探索方舟所在地图的隐藏角落或实现遁地效果，需掌握特定操作方式。
从墓土大厅跃入云层后，立即向右前方海岸线飞行，可发现一处码头泊有木船。靠近船头光圈触发坐下动作，系统将自动播放乘船动画抵达彼岸。下船后越过正前方沙丘，残破的方舟船体即呈现于沙谷之中。此处为魔法季向导先祖所在地，也是接取季任务的核心区域。该区域地表平坦，无自然地下入口。
部分玩家所指的地下区域实为利用游戏机制实现的穿模遁地。需装备矮人面具缩减体型，在斜坡或特定地形处，将角色移动至双脚最大跨度姿态，使单侧脚部陷入地表模型。向屏幕两侧反向拖动操作杆，配合跳跃动作可令角色沉入地面。此技巧属非官方设计，在方舟周边沙丘区域可尝试，但可能触发空气墙或地形限制。遁地后视野将转入地下空间，可观察到地表下方的贴图结构，但无实际探索内容。
魔法季六项灵体收集任务虽由方舟向导发布，但目标光芒散落于全图：霞谷溜冰场冰洞内的水之灵（蓝光）、云野右侧浮岛的地之灵（绿光）、禁阁一层的念之灵（紫光）等均需在其他地图完成。此类任务与方舟本体地下结构无关。真正存在地下通道的是墓土沉船图——位于四龙图右侧洞穴内，需穿越甬道抵达沉船底部，该区域独立于失落方舟。
